新生兒腦水腫的治療其實是預防重於治療。 主要在於預防圍產期窒息的發生， 要不斷提高產科技術， 及時處理宮內窘迫， 儘快結束分娩。 生後窒息的嬰兒要及時復蘇， 以減少HIE的發生。
一般認為， 如經過綜合復蘇措施， 搶救20分種仍然不恢復自主呼吸或Apgar評分仍低於1分者， 大腦已受到嚴重不可逆損。
1、一般治療。
保持安靜與休息， 保證呼吸道通暢及輸氧， 維持血壓、血糖、血電解質在正常範圍， 及時糾正酸中毒。
2、重症監護。
進行心肺、血壓、顱內壓及腦電監護， 嚴密觀察體溫、呼吸、神志、眼沖、瞳孔大小、前囟情況及有無早期驚厥的情況。
3、維持熱量和適當限制液量。
一般生後3天之內液體量應限制在每口60～80ml/kg， 輸注速度每小時4ml/kg。 葡萄糖攝入量每天10～20g/kg， 使血糖維持在4.2～5.6mmol/L， 必要時給予靜脈高營養。 應慎用碳酸氫鈉以免加重腦水腫。
4、抗腦水腫治療。 可使用甘露醇、速尿及地塞米松等藥物進行綜合治療。
5、人工亞冬眠療法。 凡急性腦水腫伴有發熱者， 應使體溫在2～3小時下降至35～37℃， 維持亞冬眠12小時左右， 撤去冬眠藥物， 逐漸複溫。
6、氧自由基清除劑。 可選用維生素E、維生素C， 超氧化物歧化酶， 過氧化氫酶等。
7、液體療法。 給予等滲或高滲（2.5%～5%）NaHC03液糾正酸中毒， 根據病情邊補（水）邊脫（水）。
