新生兒血小板減少性紫癜的病因是多方面的， 當血小板生成不能彌補血小板損失時， 血小板計數就下降了。 根據病因分類， 新生兒血小板減少性紫癜可分為免疫性、感染性、先天性或遺傳性等。
1、免疫性血小板減少性紫癜
同族免疫性血小板減少性紫癜：母親的抗體， 如同族免疫性抗體可通過胎盤進入嬰兒體內， 如果母嬰血小板抗原性不相同， 就會造成嬰兒出生時血小板計數常降低而發生出血。
先天被動免疫性血小板減少性紫癜：當母親患有母患特發性血小板減少性紫癜、全身性紅斑狼瘡等免疫性疾病時，
新生兒溶血病並血小板減少：嚴重的新生兒溶血症常會影響到血小板數量， 引發紫癜。
藥物性血小板減少性紫癜：藥物引起的新生兒血小板減少， 可分為先天性和後天性兩種， 不管是胎兒在母體中通過胎盤收到藥物影響， 還是出生後使用藥物， 都可能會引起血小板減少性紫癜。
2、感染性血小板減少性紫癜：各種病毒、細菌、螺旋體和原蟲感染， 或由於嚴重感染而出現的各種嚴重併發症都會引起血小板降低。 感染包括宮內感染和出生後感染， 特別是宮內感染更易合併血小板減少。
宮內感染：常見病原體有弓形體、風疹、巨細胞病毒、人皰疹病毒、柯薩奇病毒、麻疹及肝炎病毒等。
生後感染：以細菌感染為主,主要是金黃色葡萄球菌和革蘭陰性桿菌感染， 常繼發血小板減少。
3、先天性或遺傳性血小板減少性紫癜：骨髓巨核細胞減少或缺如， 可導致血小板減少。 有些遺傳性疾病可導致血小板減少， 如Wiskott-Aldrich， 病因尚不明確。
