典型的阿米巴肝膿腫表現為持續高熱， 右上腹和右側胸部疼痛、全身消耗、肝臟腫大、肝臟壓痛、白細胞增高等， 結合B超、CT檢查一般不難診斷。 肝穿刺抽出巧克力樣並具有腥臭味膿液、鏡檢發現阿米巴滋養體等均可確診。 造成誤診的原因主要有以下幾種。
隨著社會的發展和進步， 人們的環境衛生、飲食、飲水和個人衛生不斷得到改善， 阿米巴肝膿腫的發病率顯著降低， 不少年輕醫生沒見過阿米巴肝膿腫， 對其認識不夠， 警惕性不高。
臨床詢問病史不詳細， 不重視流行病學及阿米巴痢疾病史的調查，
阿米巴肝膿腫早期症狀不典型， 隨著時間延長， 直到膿腫形成才出現典型的症狀和體征， 且肝膿腫形成後又易引起併發症， 特別是以併發症為突出表現的患者， 常掩蓋肝膿腫的典型表現。 如果醫生思路不開闊， 對臨床資料未進行仔細全面地分析和推理， 就極易造成誤診或漏診。
對影像學檢查的結果過於依賴。 當肝膿腫未液化時， B超和CT等影像學檢查極易將其誤認為肝實質性占位病變。
