1.中毒性腸麻痹：當原發病為腹瀉或敗血症時， 易將壞死性小腸結腸炎誤診為中毒性腸麻痹， 但後者無便血， X線片上無腸壁間積氣等。
2.機械性腸梗阻：X線腹平片上液平面的跨度較大， 腸壁較薄， 無腸壁間隙增寬模糊， 無腸壁積氣， 再結合臨床不難區別。
3.腸扭轉：此時機械性腸梗阻症狀重， 嘔吐頻繁， 腹部X線平片示十二指腸梗阻影像， 腹部陰影密度均勻增深， 並存在不規則多形氣體影， 無明顯充氣擴張的腸曲。
4.先天性巨結腸：有腹脹， X線片上有小腸、結腸充氣影， 需與早期壞死性小腸結腸炎鑒別。 前者有便秘史，
5.新生兒出血症：生後2～5天出現， 可以胃腸道出血為主， 需鑒別。 本病有生後未給予維生素K注射史， 無腹脹， X線片也無腸道充氣和腸壁積氣， 維生素K治療有效。
6.自發性胃穿孔：多由於先天性胃壁肌層缺損引起， 常見於胃大彎近賁門處。 病兒生後3～5天突然進行性腹脹， 伴嘔吐、呼吸困難和發紺， X線平片腹部僅見氣腹， 無腸壁積氣或腸管脹氣。
