疾病的發生， 關係到致病因素和機體本身抗病能力兩個方面， 《內經》把這兩個方面概括為“邪”和“正”， 認為疾病發生與否， 取決於邪、正兩方面的作用。
兩虛相得 乃客其形
“兩虛相得， 乃客其形”出自《靈樞·百病始生篇》。 其所謂“兩虛”， 一指外來的虛邪， 即賊風邪氣；二指人體內在的正氣虛， 只有在虛邪與正氣虛這“兩虛”相逢的情況下， 邪氣才能傷害人體發生疾病。 “虛邪”與正氣虛乃是外感發病的兩個必備條件， 而這兩者之間， 又以正氣虛為發病的關鍵。
如果人體正氣充盛， 則正能勝邪而不易發生疾病， 即《素問·刺法論》所謂“正氣存內，
這就是《內經》一再強調的以內因為主的發病學思想， 諸如“精神內守， 病安從來”（《素問·上古天真論》）；“清靜則肉腠閉拒， 雖有大風苛毒， 弗之能害”（《素問·生氣通天論》）；“故藏於精者， 春不病溫”（《素問·金匱真言論》）；“人血氣積， 肌肉充， 皮膚致， 毛髮堅， 腠理郤（閉）， 煙垢著（形容皮厚體肥）， 當是之時， 雖遇賊風， 其入淺不深”（《靈樞·歲露》）等。 《難經》所說的五臟“旺者不受邪”；《金匱要略》所說的“五臟元真通暢，
此外， 《素問·經脈別論》還指出“生病起於過用”， 所謂過用， 即過度耗用；凡飲食、勞逸、情志、房室等各種因素超過了常度， 耗傷了人體， 便可以產生疾病。 這仍然是從邪正兩方面的作用認識發病， 仍然是以內在因素為主的發病觀思想。
所以高士宗《醫學真傳》說：“人身本無病也， 凡有所病， 皆自取之， 或耗其精， 或勞其神， 或奪其氣， 種種皆致病之由。 ”
故邪相襲 因加而發
凡邪氣傷人， 沒有立即發病， 而是潛伏體內再由某種誘因觸發， 這種故邪與新邪相加而發病的情況， 《靈樞·賊風》稱之為“與故邪相襲”， “因加而發”， 此即後世所謂“伏氣學說”的理論導源。
《靈樞·賊風》指出：“嘗有所傷于濕氣， 藏於血脈之中，
這裡提出了5個方面的伏邪：一是傷於濕氣， 久留不去；二是有所墮墜， 惡血在內；三是情志不節， 氣機逆亂；四是飲食不適， 脾胃損傷；五是寒溫失調， 衛氣失固。 並提出了兩個方面的誘發因素：一為外受寒、熱、風邪而觸發；二為情志波動如所惡、所慕， 使血氣內亂而觸發。
這些內容， 較之後世溫病學家的伏氣說， 其範圍要大得多。 溫病學家所論伏氣溫病，
如《素問·生氣通天論》所雲“春傷於風， 邪氣留連， 乃為洞泄；夏傷於暑， 秋為痎瘧；秋傷於濕， 上逆而咳， 發病痿厥；冬傷於寒， 春必溫病”， 即是其例。
勇怯厚薄 因形而病
《內經》認為， 人體形態的緩急、氣血的盛衰、性格的剛柔、體質的強弱都與發病相關。 《靈樞·論勇》說：“有人於此， 並行並立， 其年之長少等也， 衣之厚薄均也， 卒然遇烈風暴雨， 或病或不病， 或皆病， 或皆不病， 其故何也？”答曰：“黃色薄皮弱肉者， 不勝春之虛風；白色薄皮弱肉者， 不勝夏之虛風；青色薄皮弱肉者， 不勝秋之虛風；赤色薄皮弱肉， 不勝冬之虛風也……黑色而皮厚肉堅，
《靈樞·五變》還以樹木為比喻， 說明體質因素在發病過程中的重要作用。 它說：“木之陰陽， 尚有堅脆， 堅者不入， 脆者皮弛， 至其交節， 而缺斤斧焉。 夫一木之中， 堅脆不同， 堅者則剛， 脆者易傷……況於人乎？”以人應木， “人之有常病也， 亦因其骨節、皮膚、腠理之不堅固者， 邪之所舍也， 故常為病也”。
一是由於體質強弱不同， 故雖同時感受邪氣， 也會出現“或複還， 或留止”， 即有的不病， 有的發病。
二是由於人體各部都有厚薄差異， 邪氣乘虛而入， 其薄弱部位即為“邪之所舍”， 故感受同一邪氣， 亦可出現“或病此， 或病彼”，即所謂“一時遇風，同時得病，其病各異”。
三是由於人體質的差異，往往對某種疾病亦有易感性。《靈樞·五變》指出：“五臟皆柔弱者，善病消癉”，“小骨弱肉者，善病寒熱”，“粗理而肉不堅者，善病痹”，正所謂“因形而生病”也。
或病彼”，即所謂“一時遇風，同時得病，其病各異”。三是由於人體質的差異，往往對某種疾病亦有易感性。《靈樞·五變》指出：“五臟皆柔弱者，善病消癉”，“小骨弱肉者，善病寒熱”，“粗理而肉不堅者，善病痹”，正所謂“因形而生病”也。
