便秘從病因上可分為器質性和功能性兩類。
功能性便秘占便秘人群的50％，
病因尚不明確，
其發生與多種因素有關。
1.器質性病因
（1）腸管器質性病變：腫瘤、炎症或其他原因引起的腸腔狹窄或梗阻。
（2）直腸、肛門病變：直腸內脫垂、痔瘡、直腸前膨出、恥骨直腸肌肥厚、恥直分離、盆底病等。
（3）內分泌或代謝性疾病：糖尿病、甲狀腺功能低下、甲狀旁腺疾病等。
（4）系統性疾病：硬皮病、紅斑狼瘡等。
（5）神經系統疾病：中樞性腦部疾患、腦卒中、多發硬化、脊髓損傷以及周圍神經病變等。
（6）腸管平滑肌或神經源性病變。
（7）結腸神經肌肉病變：假性腸梗阻、先天性巨結腸、巨直腸等。
（8）神經心理障礙。
（9）藥物性因素：鐵劑、阿片類藥、抗抑鬱藥、抗帕金森病藥、鈣通道拮抗劑、利尿劑以及抗組胺藥等。
2.功能性病因
（1）進食量少或食物缺乏纖維素或水分不足， 對結腸運動的刺激減少。
（2）因工作緊張、生活節奏過快、工作性質和時間變化、精神因素等干擾了正常的排便習慣。
（3）結腸運動功能紊亂所致， 常見於腸易激綜合征， 系由結腸及乙狀結腸痙攣引起， 除便秘外同時具有腹痛或腹脹， 部分病人可表現為便秘與腹瀉交替。
（4）腹肌及盆腔肌張力不足， 排便推動力不足， 難於將糞便排出體外。
（5）濫用瀉藥， 形成藥物依賴， 造成便秘。
（6）老年體弱、活動過少、腸痙攣導致排便困難， 或由於結腸冗長所致。
