新生兒癲癇指發生在出生後28天以內的癲癇。 發病原因比較多， 如基因遺傳、先天發育異常、分娩產傷、顱內感染、顱腦外傷、熱性驚厥等， 都可以引發癲癇。 由於新生兒大腦皮質發育尚不完善， 任何不良刺激均可導致大腦皮層異常放電， 腦電圖檢查陽性率比較高， 引發新生兒癲癇的幾率也比較高。
新生兒癲癇的發病因素大致可以分為以下三種：
產前因素有胎兒腦發育異常、胎兒腦血管閉塞、 產前胎兒感染、母親在孕期服用激素、麻醉品、酒精等致胎兒先天性代謝缺陷， 以及母親孕期患病、遺傳性驚厥。
有各類產傷、胎兒顱內或顱外感染、孕婦難產時不慎把麻醉藥注射在小兒頭皮上。
產後因素有代謝紊亂、產後感染、顱內出血、缺氧缺血性腦病， 其中以圍生期窒息缺氧為最常見病因， 其次是代謝異常和產傷。
無論是產前因素還是產後的外界因素都是可以導致新生兒患上癲癇病的， 但是遺傳因素是導致新生兒癲癇發病， 尤其是特發性癲癇的重要原因。 分子遺傳學研究發現， 新生兒癲癇發病機理是一部分遺傳性癲癇的分子機制為離子通道或相關分子的結構或功能改變。 離子通道是體內可興奮性組織興奮性調節的基礎， 其編碼基因突變可影響離子通道功能， 從而導致某些遺傳性疾病的發生。
