灰指甲的治療可以說是一項大工程， 一般治療過程在2～3個月甚至更長， 部分患者醫治時間長達到1年。 另外是多種藥物聯用， 內服藥和外用藥聯用， 或手術方法與其他治療聯用。
其中， 灰指甲的藥物治療在以前都是首選灰黃黴素， 一般指甲癬需連續用2~3個月， 趾甲癬則為6~10個月。 目前， 灰指甲的治療藥物還有鹽酸特比萘芬片（倍佳）和伊曲康唑膠囊（斯皮仁諾膠囊）等新一代抗真菌藥， 可用於各類真菌感染， 尤其適於治療甲真菌病。
鹽酸特比萘芬片
指甲真菌病：第一周每日250毫克， 每日1次， 口服；第2~7周， 改為隔日1次，
趾甲真菌病：第一周每日250毫克， 每日1次， 口服；第2～11周， 改為隔日1次， 每日250毫克。
停藥後病甲好轉， 直至新甲完全長出。 適用於甲癬或輕型趾甲癬病人， 對於較重趾甲癬， 每日服藥法的療程可延長至2個月。 或每次250毫克， 每日1次， 連續服用半年。
伊曲康唑膠囊
適用於手足癬角化型伴多個甲癬者。 連續治療：每次口服200毫克， 每日1次， 連續服用3個月。
指甲癬：每次200毫克， 每日2次， 連續1周， 停用3周， 第5周開始按每次200毫克， 每日2次服用， 再連服1周。
趾甲癬：每次200毫克， 每日2次， 連續1周， 停用7周， 第9周開始按每次200毫克， 每日2次服用， 再連服1周。
對於少數非皮膚真菌感染的患者， 建議口服伊曲康唑膠囊和鹽酸特比素萘芬片行衝擊治療。
注：藥物劑量需諮詢藥師或醫師。
