感染乙型肝炎的病毒後必然會引起機體免疫反應, 從而產生不同的血清免疫學標誌物, 目前認為乙肝的發病機制與機體的免疫應答密切相關, 尤其是體內的細胞免疫應答, 而機體的年齡特點決定機體的免疫系統成熟程度, 嬰幼兒免疫系統處於一個發展過程, 此時清除病毒能力差, 因此容易發生免疫時受而慢性化, 而成人免疫系統發育完整, 很容易在短期內進行免疫清除, 因而表現為急性乙型肝炎, 當機體免疫功能低下, 不完全免疫耐受, HBV基因突變逃避免疫清除等情況時, 亦可導致慢性肝炎,
乙型肝炎病毒主要侵犯肝細胞, 在肝細胞內定居複製, 因此對於乙肝患者發病時常常表現為肝功能異常, 乙型肝炎的肝外損傷主要由免疫複合物引起, 如急性乙肝可以致血清樣病變是因為免疫複合物沉積於血管壁和關節腔滑膜並啟動補體所致, 而慢性乙型肝炎時迴圈免疫複合物沉積在血管壁, 導致膜性腎小球腎炎伴發腎病綜合征, 臨床叫肝腎綜合征。