間質性膀胱炎是一種慢性非細菌性膀胱炎。 2003年國際尿控學會將間質性膀胱炎定義為是一種與膀胱充盈相關的恥骨上疼痛， 伴隨晝夜排尿次數的增加， 但無泌尿系感染等其他疾病。 間質性膀胱炎， 從其被發現到目前為止， 已經有100多年了， 但遺憾的是， 醫學界仍未發現其準確的病因。 目前存在以下幾種假說， 這些假說在某種程度上不止適用於間質性膀胱炎， 同樣適用於其他膀胱炎。
尿路感染。 尿路感染是指尿路內有大量的細菌繁殖， 而引起尿路的炎症反應。 尿路感染包括尿道炎、膀胱炎、前列腺炎和腎盂腎炎等疾病。
肥大細胞啟動。 間質性膀胱炎的肥大細胞位於膀胱粘膜下層和逼尿肌中， 啟動後會引起血管擴張、充血、炎細胞滲出、趨化。
黏膜上皮通透性增加。 正常膀胱黏膜表面存在一層連續的保護層包括氨基葡聚糖、離子泵、不對稱的單位膜及高度的蛋白聚糖等成分， 可以防止尿液中細菌的黏附及毒性成分對肌層的破壞。 間質性膀胱炎患者膀胱黏膜上皮葡聚糖層明顯減少， 導致黏膜通透性增加， 化學物質滲透至粘膜下層， 導致接觸性損傷和炎症， 刺激疼痛神經， 導致疼痛症狀。
免疫學因素。 臨床上常常發現間質性膀胱炎與某種或多種免疫性疾病並存， 因此其發病可能與免疫有關。
尿液毒性成分。
內分泌影響。 由於間質性膀胱炎高發於女性， 因此使人們推論內分泌因素在間質性膀胱炎發病重可能起重要作用。
其他， 如神經源性異常、缺氧、精神緊張等。
