子宮內膜異位症的危害性極大， 嚴重的還會引發不孕症， 因此必須積極治療。 從臨床來看中西醫相結合的治療方法效果不錯， 其中西醫方法有期待療法、手術治療、藥物治療等， 中醫的話需要疏肝理氣、清熱涼血、溫經散寒等。
(1)期待療法：早期病例可採取期待療法， 但內異症是進展性疾病， 若症狀和體征加劇時， 應改用積極療法。
(2)手術治療：目前將手術治療分為保守性(保留生育功能)、半根治性(切除子宮、保留卵巢功能)和根治性手術(切除子宮、卵巢及所見病灶)， 但都有一定的復發機會， 特別是保守性和半根治性手術。
(3)藥物治療：達到卵巢抑制的目的， 或“假孕”或“假絕經”， 現今常用的藥物是孕激素、丹那唑、內美通和促性腺激素釋放素激動劑(GnRHa)等。
中醫藥治療子宮內膜異位症屬於整體的、宏觀的、主動的， 療效是長期的， 無明顯毒副作用的， 對輕度患者療效顯著， 而中、重度患者則可改善症狀， 減輕痛苦。 本病的主症是血瘀證， 且貫穿整個疾病過程中， 初期以實證為主， 病久傷正， 因實致虛而表現虛實夾雜證， 純虛證極少見。 針對局部瘀血阻滯的病機特點， 治法上強調活血化瘀， 軟堅散結， 抑制異位元內膜組織生長， 臨床根據痛經特點及經行情況、病程長短以及兼證， 辨清在氣在血， 屬寒屬熱， 腎虛、肝鬱而全身辨證治療， 分別施以疏肝理氣、清熱涼血、溫經散寒、補腎益氣、化痰軟堅等法，
