發酵是炮製方法之一。 指藥物在一定的溫度和濕度條件下， 由於微生物和酶的催化分解作用， 使藥物發泡， 產生黃白色黴衣的方法。 一般發酵的最佳溫度在30～37℃， 相對濕度控制在70％～80%為宜。 多利用空氣中微生物自然發酵， 但有時會因菌種不純， 影響發酵的品質。 通過發酵可以製造新藥， 產生新的治療作用。 常用幹六神曲、建神曲、半夏曲、淡豆豉等藥物的製備。
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