普氏立克次體侵入人體後， 先在小血管內皮細胞內繁殖， 並引起血管病變， 病原體釋放入血形成立克次體血症， 侵襲全身小血管內皮細胞， 病變多見於皮膚、心肌、中樞神經系統。 立克次體不產生外毒素， 死亡釋放少量的內毒素。 病程第2周產生變態反應， 使血管病變進一步加重。 立克次體偶可長期潛伏于單棱巨噬細胞內， 當機體免疫力降低時引起復發， 稱為復發性斑疹傷寒， 亦稱為Brill-Zinsser病。 潛伏期5～21天， 平均10～14天。 常急性發病， 少數患者有頭痛、頭暈、畏寒、乏力等前驅症狀。
侵襲期多急起寒戰、高熱， 稽留熱型， 伴嚴重全身毒血症症狀等。
發疹期， 約在病程第4～6天稽留熱時出現皮疹。 先見於軀幹、很快波及全身， 但面部無皮疹， 下肢較少。 皮疹初起常為充血性斑疹或丘疹、壓之褪色， 繼之轉為暗紅色或出血性斑丘疹， 壓之不褪色， 持續一周左右消退。 退後留有棕褐色色素沉著。 此時全身症狀加重， 體溫持續升高可達40～41℃， 伴有神經精神症狀加重， 甚至昏迷或精神錯亂。 亦可有腦膜刺激征， 腦脊液壓力增高。 部分患者有中毒性心肌炎， 嚴重者可出現休克。 多數患者脾腫大。
恢復期病程第13～14天開始熱退， 3～4天恢復正常。 整個病程2～3周。
