1、手術治療：手術是治療子宮內膜異位症的主要方法， 因為在直視下可以基本上明確病灶範圍和性質， 對解除疼痛， 促進生育功能效果較好。 手術可以分為開腹手術和腹腔鏡微創手術， 必要時做宮、腹腔鏡聯合手術。
（1）子宮內膜異位症的開腹手術：該手術方法大多用在子宮內膜異位症， 合併子宮肌腺症或者多次手術史， 盆腔粘連嚴重者， 開腹手術可以仔細分離粘連， 較徹底挖除病灶， 滿意縫合創面（對今後妊娠有利）， 手術後住院比腹腔鏡手術多3天， 腹壁傷口不必拆線。
（2）子宮內膜異位症的腹腔鏡手術：該手術大多用在子宮內膜異位症合併卵巢巧克力囊腫， 或者粘連不嚴重者的治療上， 如想生育同時通輸卵管， 手術切口小， 恢復比較快。
2、保守治療：根據子宮內膜異位元症患者的不同臨床症狀表現， 結合合理的檢查、用藥， 但是多年的臨床資料顯示， 保守治療效果不好， 大部分患者最後仍然需要採取手術治療。
一般情況下， 不建議選擇保守治療， 對於子宮內膜異位症這種具有較大危害性的疾病來說， 保守治療的局限性是非常明顯的， 不僅在治療效果上， 沒有明顯的效果， 即使在治癒後對於身體的傷害也是比較大的， 因此， 對於治療方式的選擇也要注意。
