慢性排斥(CD)是導致長期存活移植腎丟失的最主要原因, 從而影響移植物的長期存活率和半壽期。 慢性排斥與移植腎的存活密切相關。 故需及早與相關腎病相鑒別
當慢性排斥時腎小球常有不同程度的硬化, 且可出現復發性腎小球腎炎, 即受者原有腎炎在移植背中復發, 通過與受者原腎的病理結果進行比較可鑒別。 排斥反應性腎小球腎炎與局灶性腎小球腎炎需借助血管改變來區別。
嚴重排斥時, 腎小球毛細血管叢基底膜明顯增厚, 應與膜性腎小球腎炎鑒別。 膜性腎小球腎炎的主要特徵是彌漫性腎小球基底膜增厚,
慢性排斥有時可見明顯的間質硬化, 需與慢性間質性腎炎鑒別。 慢性排斥時腎間質硬化, 核稀少, 纖維疏鬆似間充質結構, 炎性細胞少見。 而慢性間質性腎炎的纖維組織較緻密, 核豐富, 並伴炎性細胞浸潤。
此外, 慢性排斥還需與環孢素(CsA)或他克莫司(TAC)腎中毒相鑒別。 CsA或TAC中毒時常見小動脈透明變性, 慢性排斥則以閉塞性動脈病變為特徵, 小動脈則較少受累。