羊水穿刺手術作為一種產前診斷技術， 加上操作是有創性檢查， 因此存在以下幾種醫療風險：
1、該操作用細針穿刺進入羊膜腔， 可能造成准媽媽出血、出血性休克、羊水外流、流產及傷及胎兒的可能。
2、因子宮畸形、胎盤位於前壁、腹壁太厚、羊水過少等原因可能導致穿刺失敗。
3、由於羊水細胞培養系脫落細胞體外培養受羊穿時間、標本是否混血、培養基污染等多種因素影響， 羊水培養有失敗的可能， 有時因為崁合體而不能診斷。
4、受現有醫學技術水準的限制， 羊水生化檢查、細胞學、和分子遺傳學分析有時難以確診，
5、如術前准媽媽存在隱形感染或術後衛生條件不佳， 有發生宮內感染的可能。
6、准媽媽若合併心腦血管疾病， 由於疼痛、緊張等刺激， 有發生心腦血管意外的可能。
7、通過本次檢查， 可以排除擬診斷染色體異常的疾病， 但受現有醫學技術水準的限制， 有時難以分辨染色體的某些微小異常， 也不能排除一些多基因病、或其他原因導致的胎兒畸形或異常。
8、由於不可抗拒的外界影響如停電、地震或培養設備的損害等非人為因素造成羊水培養失敗可能。
