卵巢囊腫的發病機制一直眾所紛紜， 主要有以下3方面學說受到醫學界的一致支持。
1、子宮內膜種植學說
如月經期脫落的子宮內膜碎片， 隨著經血逆流經輸卵管而直至腹腔， 使其種植在卵巢和鄰近的盆腔腹膜， 這些碎片就會繼續生長蔓延， 最終造成卵巢囊腫的發生， 尤其是生殖道有畸形或梗阻的女性較多見此種發病機制。
2、體腔上皮化生學說
女性的生殖系統上皮、卵巢生殖上皮以及盆腔的腹膜、胸膜等處均起源于體腔上皮， 如體腔上皮受到炎症、創傷、經血或雌激素過高等因素的不良刺激後，
3、免疫學說
女性免疫功能正常的情況下， 月經期由輸卵管流入腹腔的內膜細胞會被局部免疫系統殺滅， 一般對機體不會造成損害， 但如局部免疫功能不足或逆流腹腔內的內膜細胞數量過多， 就會導致內膜細胞殘留， 免疫系統無法將其全部殺滅， 繼而誘發卵巢囊腫。 另外， 據統計， 如女性患有其他免疫系統疾病， 如紅斑狼瘡等， 其發生卵巢囊腫的幾率較免疫系統正常女性要高出2倍。
