腸結核這個疾病在消化系統結核裡面是最常見的， 一般患有肺結核的患者很大機會會患上這個腸結核。 腸結核的治療方法是比較成熟的， 不過需要的治療週期相對長一些。
腸結核的治療目的是消除症狀， 改善全身情況， 促使病灶癒合及防止併發症發生， 腸結核早期病變是可逆的， 因此應強調早期治療;如果病程已至後期， 即使給予合理足時的抗結核藥物治療， 也難免發生併發症。
1.休息與營養：機體抵抗力的降低是結核發生， 發展的重要因素， 因此合理的休息與營養應作為治療的基礎， 以增強機體的抵抗力，
2.抗結核化學藥物治療：
初次抗結核治療方案：2HRZE/10HRE， 一般療效至少一年以上， 抗耐藥結核治療方案， 強化期6個月， 鞏固期18月。 全程口服吡嗪醯胺， 根據藥敏選擇抗結核藥物， 聯合用藥， 通常6種抗結核藥物。
藥物臨床運用應堅持早期， 聯用， 適量， 規律和全程使用敏感藥物的原則， 化療方案視病情輕重而定， 一般用異煙肼與利福平兩種殺菌藥聯合， 在治療開始1～2周即有症狀改善， 食欲增加， 體溫與糞便性狀趨於正常， 對嚴重腸結核， 或伴有嚴重腸外結核者宜加鏈黴素或左氧氟沙星， 對氨基水楊酸聯合使用。
3.手術：適應手術只限於併發症的治療，
(1)結核潰瘍發生穿孔。
(2)限局性穿孔伴有膿腫形成或瘺管形成。
(3)瘢痕引起腸狹窄或腸系膜縮短， 造成腸扭曲。
(4)局部的增殖型結核引起部分腸梗阻。
(5)腸道大量出血經積極搶救不能滿意止血者， 手術前及手術後均需進行抗結核藥物治療。
