非淋菌性尿疲乏炎症狀雖不十分明顯， 但如不及時治癒， 日久將有出現併發症危險， 故應及時到有條件的醫院診治。 不要向醫生隱瞞病史， 也不要自己濫用抗生素， 以免延誤治療。 只要配合醫生治療， 嚴格遵守醫囑， 非淋菌性尿道炎是可以治癒的。
由於沙眼衣原體具有獨特的生物學特徵， 對其感染的治療用藥也有特殊的要求， 由於沙眼衣原體的生命週期較長， 所用的抗生素療程應延長或使用半哀期長的抗生素， 體外藥每試驗， 大環內酶數對沙眼衣原體的作用具有較強的殺菌作用， 新型喹諾酮數藥等對沙眼衣原體的作用不一。
臨床治療非淋菌性尿道炎要求早期診斷、早期治療、足量足療程並有針對性的聯合用藥治療， 以防止產生併發症。
一些患者早期治療不規則、不徹底或者在治病期間仍繼續有性行為， 造成反復發作或症狀不消失。 而有些患者症狀消失， 表面上看起來已痊癒。 這二種情況都應注意。
非淋菌性尿道炎的治癒標準是：自覺症狀消失， 尿沉澱物塗片檢查無白細胞出現， 碘染色塗片為陰性等。 只有醫院的化驗結果才是衡量治癒與否的根據， 患者不能以自己的感覺而隨意中斷治療。 治療結束後， 也要根據醫囑定期到正規機構複查， 以觀察有無復發。