伊曲康唑和特比萘芬是治療灰指甲常用的抗真菌藥物。 2002年美國FDA報告了因伊曲康唑和特比萘芬口服治療灰指甲引發嚴重的不良反應， 出現了嚴重的充血性心力衰竭和嚴重肝臟毒性的病例。 美國FDA要求在伊曲康唑和特比萘芬的藥品標籤上作出重要修改， 提示可能發生的嚴重不良反應， 特別是伊曲康唑可以引起充血性心力衰竭。
特比萘芬總不良反應發生率為10.5％， 最常見的不良反應為胃腸道反應， 比例為4.9％， 其他不良反應還有皮膚過敏反應為2.3％， 無症狀性或症狀性肝轉氨酶升高為3.3%， 少數患者可能出現全血細胞減少。
藥疹為伊曲康唑多見的不良反應之一， 發生率為0.1%～2%。 常見的不良反應還有消化道反應， 包括噁心和嘔吐10%， 腹瀉0.2%～2%， 上腹痛、腹脹、厭食、便秘、消化不良等。 一般認為伊曲康唑的肝臟損害少見且輕微， 引起肝炎的風險度較低， 無症狀肝酶值升高發生在連續療法為1％～5％， 在衝擊療法為1.7％～2％。 伊曲康唑還可引起神經系統反應、月經紊亂、甲狀腺功能減退等， 不良反應隨療程延長而增加。
