灰指甲因藥物不易進入甲板且甲生長緩慢， 故治療較為閑難， 其關鍵在堅持用藥。
1.外用藥物治療
常用表淺和未累及甲根的損害。 先用小刀或指甲銼儘量去除病甲， 再塗30%冰醋酸溶液或3%～5%碘酊， 每天2次， 療程3～6個月， 直至新甲生成為止：亦可採用40%尿素軟膏封包使病甲軟化剝離， 再外用抗真菌製劑：8%環吡酮、5%阿莫洛芬塗劑可在指甲表面形成藥膜， 利於藥物穿透甲板。
去除甲板方法：
①一般可用30～40%尿素硬膏貼在病處， 每4~5日更換1次， 病甲逐漸軟化， 甲板與甲床分離， 易於拔除， 如不成功， 重複治療。
②用水楊酸乳酸軟膏代替尿素硬膏，
③局麻下手術拔甲， 必要時採用凡士林紗布包紮傷口， 1周後先塗3%水楊酸軟膏， 逐漸增高濃度， 以後用複方苯甲酸軟膏和碘酊交替外搽， 直至新甲長出為止。 去甲後口服灰黃黴素或酮康唑3～4周， 可提品打效。 手術拔甲痛苦及損傷大， 目前較少採用。
2.內用藥物治療
可用伊曲康唑間歇衝擊療法， 指甲受累需2-3個療程， 趾甲受累需3～4個療程：也可用特比萘芬250mg/d口服， 指甲受累療程4周， 趾甲受累療程6周。 與外用藥物聯用可提高療效。
