首先以潰瘍癒合時間來區分。 良性口腔潰瘍一般數天至數周可以癒合, 而惡性口腔潰瘍則呈進行性發展, 數月甚至年餘不癒合。
其次可以形態區分。 良性口腔潰瘍一般形態比較規則, 圓、橢圓或呈線條形, 邊緣整齊, 清楚, 與周圍組織分界清, 凹陷的基底部較平滑, 摸上去柔軟, 疼痛明顯。 而惡性口腔潰瘍形態多不規則, 邊界不清, 邊緣隆起呈凹凸不平狀, 潰瘍底部不平, 呈顆粒狀, 觸之質硬韌, 明顯區別于正常粘膜, 潰瘍疼痛反而不甚明顯。
第三可以病程規律區分。 良性口腔潰瘍常常反復發生, 有自限性,