現在所應用的藥物流產藥米非司酮其藥量僅為最初所用藥量的1/4～1/3， 因而副作用並不明顯， 主要為加重早孕反應、乏力等。
前列腺素副作用以胃腸道反應為主， 如噁心、嘔吐、腹瀉及由於子宮收縮可產生下腹痛， 個別人有發熱、頭暈、皮膚潮紅及發麻等症狀。 為預防或治療胃腸道副作用， 可在用藥前後服用複方苯乙呢陡或胃複安， 腹痛嚴重者可予以度冷丁或阿托品類鎮痛解痙藥。 但要避免使用對抗前列腺素的消炎痛、氟滅酸或水楊酸類製劑。
少數孕婦服用米非司酮即可流產。 80%孕婦在使用前列腺素類藥物後6小時內排出絨毛胎囊;約10%孕婦在服藥1周內排出。
根據排出或未排出絨毛胎囊的情況， 按醫生規定的時間在用藥後8～15天內到給藥的醫療機構隨診， 以確定藥物流產效果。 凡醫務人員確定藥物流產失敗或流產不全者， 必須做人工流產術以終止妊娠。
藥物流產時雖已排出絨毛胎囊， 但子宮內的蛻膜組織則是慢慢排出的， 故出血時間較長， 平均18～20日。 部分婦女會因出血多、時間長而導致貧血或併發子宮內膜炎、盆腔炎等。
因此， 藥物流產必須到具有急診刮宮手術和輸液等的醫療機構， 在專門培訓的醫生篩選指導下應用，
極個別孕婦出現大出血、腹痛、發熱等意外情況時， 應急赴給藥的醫療機構就診。
