1.嬰兒室及新生兒病室的工作人員當入室前應嚴格執行洗手消毒制度。 人員要相對固定， 要求有較強的專業知識和經驗。
2.室內發生流行性腹瀉時應立即消毒隔離， 將患兒集中治療。 對接觸過患兒的嬰兒集中在另一間觀察， 一旦發病即轉入腹瀉病房。 流行病區應檢疫至流行停止。 至少應另開一間專收新病兒的病房， 其中的工作人員應與流行區分開。
3.病兒及接觸過的嬰兒大便培養必須2～3次陰性後方允許出院。 留下的衣物、被褥及用具必須嚴格消毒才能再用。 出院後的嬰兒如在一周內發生腹瀉必須到原產院或醫院就診，
4.如孕婦發生腹瀉應立即與其他產婦隔離， 並積極治療， 暫時停止對嬰兒抱奶。 嬰兒也應隔離， 並做大便培養至陰性時始解除。
5.積極治療患嬰， （詳見小兒感染性腸炎）， 腹瀉新生兒易發生脫水、酸中毒和低血鉀症， 應及時從靜脈補充液體和電解質， 糾正酸中毒， 下列補充量作為參考：輕度脫水足月兒120～150ml/kg/d， 早產兒150～200ml/kg·d；中度脫水足月兒150～200ml/kg·d， 早產兒200～250ml/kg·d；重度脫水足月兒200～250ml/kg·d， 早產兒250～300ml/kg·d。 補充鈉、鉀、氯離子根據血電解質測試而定， 一般情況下生理鹽水與10％葡萄糖液之比例在輕度脫水約為1∶2， 中度1∶1， 重度1∶1～2∶1。 治療酸中毒輕度者在補充液體後會自行糾正， 嚴重酸中毒者在基礎液體中增加NaHCO3， 第一次量用5％NaHCO31～2ml/kg， 待BE或CO2結合力檢查結果出來後則根據BE計算。
應補充的NaHCO3mmol數=體重（kg）×0.3×BE數將此量扣除第一次加入NaHCO3量從靜脈緩慢滴入。 腹瀉愈重， 往往低血鉀也愈重， 在脫水和酸中毒初步改善後即需補充鉀離子， 約2～6mmol/kg·d， 根據低鉀程度而定。 從靜脈緩慢滴入不少於8小時。
抗菌藥物除嚴重鼠傷寒桿菌腹瀉選用阿米卡星或頭孢呱酮（或其他第三代頭孢類）外， 其他不一定要用抗菌藥物， 而用微生態製劑， 內含雙歧桿菌、乳酸桿菌或糞鏈球菌（如培菲康、回春生、乳酶生）， 以嬰兒腸道正常菌種替代過多繁殖的其他微生物， 維持腸道正常生態平衡。 還可試用思密達（Smecta）， 每天1g， 分3次口服， 療程3～6天。 該品對病毒、細菌及其毒素有較強吸附作用， 且對胃腸粘膜有保護作用。
