舌咽神經痛的病因：神經痛可繼發於各種舌咽神經周圍的腫瘤、椎動脈硬化、動脈瘤、殘留舌下動脈、蛛網膜炎、局部感染、莖突過長、莖突舌骨韌帶骨化、舌咽神經顱外段的損傷、頸內動脈顱外端閉塞和頸外動脈狹窄致頸靜脈孔附近的舌咽神經發生缺血性變化形成假性突觸等。 過去認為大多數舌咽神經痛是原因不明的原發性舌咽神經痛。 這類疼痛的發病機制與原發性三叉神經痛相似， 是由於異常血管的壓迫， 導致舌咽及迷走神經根絲受壓處發生脫髓鞘變性， 使神經纖維之間形成“短路”而觸發疼痛發作。
舌咽神經痛的病因仍不清楚， 可能是神經脫鞘所致。 發病年齡多在四十歲以上， 男性多於女性。 其臨床表現特點：
1.臨床表現與疼痛部位：與原發性三叉神經痛不同， 疼痛發生在一側舌根、咽喉、扁桃腺、耳根部及下頷後部， 有時以耳根部疼痛為主要表現。
2.發作情況和疼痛性質：同三叉神經痛、疼痛通常驟然發作、突然停止， 每次發作持續時間多為數秒或數十秒， 一般不超過兩分鐘。 亦可呈刀割、針刺、撕裂、燒灼、電擊樣劇烈疼痛。
3.舌咽神經痛的病因之誘發因素：常於吞咽、說話、咳嗽或打哈欠時誘發疼痛。
4.板機點：往往有板機點， 部為多在咽後壁、扁桃體、舌根等處， 少數可在外耳道。
5.其他症狀：吞咽動作常會誘發疼痛發作，
6.神經系統檢查：正常。
