新生兒體內有較高的紅細胞數目, 而且紅細胞的壽命較成人短。 造成黃疸的原因是當紅細胞老化破壞時, 血紅素經代謝後產生膽紅素, 膽紅素由血液運送到肝臟, 而新生兒肝臟的功能尚未成熟, 因此吸收膽紅素的能力較差, 經代謝後, 由膽管排出膽紅素於腸胃道間, 通常糞便會呈現黃色。 但由於新生兒的腸內菌較少, 加上腸道的蠕動比較差、吸收能力也不好, 因而會增加肝腸迴圈, 還來不及排出的廢物又被身體吸收, 所以造成黃疸症狀。
黃疸症狀會隨著時間而改善, 由於新生兒體內器官功能的生長會逐漸成熟完整,
過去的研究認為, 新生兒黃疸嚴重者可能造成寶寶中樞神經的傷害。 但時至今日, 有些醫學研究指出, 膽黃素其實是絕佳的抗氧化劑, 能幫助新生兒面對離開母體後大量氧化的情況, 並有助於新生兒適應新環境。