手足口病的臨床表現為發熱咽痛, 在口腔、手足等部位出現丘疹或皰疹, 可自愈, 不留痂, 多數病例經對症處理後, 可在7~10天內康復, 預後良好。 少數病例, 特別是EV71型病毒感染的患兒, 可出現腦膜炎、腦炎、腦脊髓炎、肺水腫等併發症, 病情兇險, 可導致死亡或留有後遺症。
手足口病表現在皮膚和口腔上, 但因病毒會侵犯心、腦、腎等重要器官。 本病流行時要加強對患者的臨床監測, 如出現高熱、白細胞不明原因增高而查不出其他感染灶時, 就要警惕暴發性心肌炎的可能。
近年發現EV71較CoxAl6所致手足口病有更多機會發生無菌性腦膜炎,