1、繼發性肝癌繼發性肝癌病情發展緩慢， AFP檢測一般為陰性。 主要鑒別方法為檢查肝臟以外器官有無原發癌腫病灶。
2、肝硬變 多有肝炎病史， 且病程較長， 有肝硬化的體征表現， 如脾腫大、食管胃底靜脈曲張、蜘蛛痣、肝掌等。
3、肝膿腫 肝膿腫B超檢查為液性暗區， 肝穿刺吸膿常能最後確診。
4、肝臟良性腫瘤 如肝海綿狀血管瘤、肝腺瘤等， 借助B超、CT、肝血管掃描， 以及肝動脈造影可以鑒別。
5、肝包蟲病 多見於牧區， 有牛、羊、犬等接觸史， B超檢查為液性暗區、AFP為陰性均有助於鑒別。
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