體外衝擊波雖然安全有效， 但有時在治療中或治療後也會出現一些副反應， 一般不嚴重。 其併發症及處理方法如下：
1、血尿;體外衝擊波仲石術後， 幾乎所有病人都會出現程度不同的血尿， 以腎結石多見。 血尿的產生是在碎石過程中結石與周圍組織粘膜摩擦引起粘膜破損， 結石碎片在排出移動時輕微劃破粘膜， 還有衝擊波引起的水腫出血等原因引起。 一般血尿較輕、血色淡紅， 不需特殊治療， l一2天即可自行緩解和消失。
2、絞痛：多見於腎結石， 多較輕， 經給予解痙止痛藥對症治療均可緩解。 如腎結石過大，
3、發熱：多內于尿路感染未加控制而碎石引起， 或由於碎石堆積尿路梗阻所致， 應給予抗生素治療， 必要時作細菌培養及藥敏試驗而選用抗生素。
4、輸尿管內碎石堆積(石街)：這是因較大結石行碎石治療後較常出現的問題。 如碎石後出現輸尿管內結石堆積引起梗阻， 可採用碎石堆積處行體外衝擊波碎石以解除梗阻， 必要時輸尿管鏡取石。
5、便血：如治療時胃腸道積氣過多， 衝擊波損傷消化道粘膜會引起腸壁出血。 一般出血輕微， 可不需特殊治療即可自愈。 在治療前做好腸道清潔準備， 減少腸道積氣， 可以避免損傷。
6、腎實質損害：一般腎損害輕微，
7、結石復發：多由於致結石因素未去除， 或留下部分殘餘結石未完全排盡， 以及碎石嵌頓於粘膜所致。 防治辦法以預防為主。
我們應發揮祖國中醫醫學的優勢， 在碎石術後使用中藥排石治療使結石碎片儘快排出， 減少輸尿管內碎石堆積而引起輸尿管梗阻等併發症。
