板藍根為重要的抗病毒中藥， 每當有病毒性疾病流行時， 板藍根就會成為緊俏、搶手的中藥。 近期有不少地方用南板藍根直接代替板藍根入藥， 這是不妥的。 因為二者來源、成分和藥理作用等方面是有區別的。
來源不同：板藍根為十字花科植物菘藍的乾燥根。 南板藍根為爵床科植物馬藍的乾燥根。
用量不同：板藍根清熱解毒， 涼血利咽。 用於溫毒發斑、舌絳紫暗、痄腮、喉痹、爛喉丹痧、丹毒、癰腫等。 常用量為9～15克， 水煎服。 南板藍根功能與板藍根相似， 能清熱解毒， 涼血利咽。 用於溫毒發斑、風熱感冒、咽喉腫痛、痄腮、丹毒、流行性乙型腦炎、肝炎等。
藥理作用有區別：板藍根水浸液對金黃色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、枯草桿菌、大腸桿菌、傷寒桿菌、甲型鏈球菌、肺炎雙球菌、流感桿菌、腦膜炎雙球菌均有抑制作用。 板藍根注射液對甲型流感病毒、乙型腦炎病毒、腮腺炎病毒、流感病毒有抑制感染及增殖作用， 板藍根還具有抗大腸桿菌內毒素的作用。 從解熱、抗炎試驗結果比較， 板藍根的作用優於南板藍根。 目前有關南板藍根的研究資料尚少， 所以說， 南板藍根與北板藍根是不可以互相替代的。
