輸卵管子宮內膜異位症可以發生在輸卵管兩個不同的解剖部位, 並引起不同的後果。
(一)異位子宮內膜位於輸卵管粘膜層 如病變位於輸卵管峽部或間質部粘膜, 管腔可以完全被子宮內膜樣組織阻塞, 使輸卵管正常功能喪失, 這應與子宮內膜向輸卵管間質部延伸相區別。 後者不引起輸卵管腔的阻塞, 僅使管腔輕微偏離中心, 此為正常解剖學變異。 輸卵管子宮內膜異位症粘膜上皮呈子宮內膜樣分化, 上皮下有子宮內膜間質細胞。 在妊娠或外源性激素刺激下, 間質細胞可呈蛻膜變, 上皮細胞可呈Arias-Stella反應。
(二)異位子宮內膜位於輸卵管漿膜面 可導致反復病灶內出血和纖維化, 引起週期性腹痛, 如因疤痕收縮引起輸卵管扭曲變形也可影響生育。
在輸卵管肌層見到腺體和子宮內膜樣間質細胞時, 必須和峽部結節性輸卵管炎相鑒別。 如除肌層外同時伴有漿膜面異位元子宮內膜組織, 或者腺上皮幾乎完全缺乏纖毛細胞, 形態類似子宮內膜上皮, 在腺體周圍有間質細胞存在者, 則應診斷輸卵管子宮內膜異位症。