時至今日沒有完美療法
子宮內膜異位後， 機體的巨噬細胞在發病部位充當“員警”角色， 抑制排卵、促使提供營養的黃體溶解、影響輸卵管蠕動， 在吞噬有害細胞的同時， 也損傷了外來的精子， 激發自身免疫反應的同時， 也排斥受精卵， 從而造成不育。
許多患者依賴藥物， 只能暫時緩解症狀， 卻無法根除。
同時， 由於長期服藥， 幾乎所有的藥物都有不良反應， 這會使患者過早絕經、骨質疏鬆， 還可能損傷皮膚和肝臟， 單純用藥療效也不肯定， 並且可出現男性化傾向。
如果把患者的機體比成一座樓， 深在盆腔的病變就如同佈滿各種重要管道的地下室一樣，
如果病變危害到深部盆腔， 產生無法消除的包塊， 帶來難忍的劇烈疼痛， 藥物治療不見好轉， 這時， 就需要考慮手術治療。
在腹腔鏡下實施手術， 應儘量徹底清除病變組織， 但是， 有些異位的內膜肉眼無法看清， 活檢也呈陽性， 病變部位粘連嚴重， 神經血管交錯， 無法實施手術。 因此， 無法清除的病灶很容易使病症復發。
實施子宮腺肌症病灶清除術， 既可消除痛經、減少月經量， 又可保全子宮， 做完整女人。 所以， 治療需要遵循去病灶、減輕症狀、促生育、防復發的原則， 儘量減少對患者身體的傷害。
