任何事情都是一分為二的， 尤其在醫學領域， 治病的同時往往也有可能給身體帶來不良的影響， 如藥物有副作用， 手術會留下瘢痕。 同理， 正畸治療也可能會出現以下不良反應。
1、在矯治初期牙齒有輕度疼痛等不適
這有兩種可能。 一種可能是因為牙髓受到激惹而表現出暫時性的痛覺的閾值降低， 一般不會引起牙髓永久性損傷。 另一種可能是牙周膜受到擠壓。 牙周膜內的神經對壓力非常敏感。 持續的正畸壓力會引起輕微的牙疼或不適， 但這種現象一般只持續3～4天， 此後會逐漸減輕， 直至消失。
2、牙齒的動度增加
在正常情況下， 牙齒有輕微的動度， 是生理性的， 它可以緩衝咀嚼壓力， 防止牙齒和牙周發生創傷。 在正畸過程中， 牙齒的動度會有所增加， 正畸力越大， 牙齒動度越明顯。 正畸治療中如果發現牙齒活動度很大， 須留意正畸力是否過大， 超出了正常範圍， 應該儘快報告您的主治醫生， 及時查明原因， 使之得到妥善解決。
3、咀嚼可能受到影響
矯治期間， 牙齒受矯治力作用可出現牙髓、牙周方面的不適反應， 進而影響咀嚼。 建議在此期間選用較鬆軟、易消化、營養豐富的食品， 不要咀嚼太硬、太黏的食物。 水果等宜先切成片或條狀，
4、牙槽骨高度降低
牙槽骨高度對於牙齒的穩固和健康非常重要。 戴用固定矯治器期間， 不保持口腔衛生會引發牙齦炎。 炎症以及受力作用可以使做過正畸的牙槽骨高度降低。
5、牙根根尖形態改變
在正畸牙齒移動過程中， 牙根表面也發生若吸收、增生等重建活動， 牙根根尖可能變圓鈍、變短。 正畸治療停止後， 牙根憑著自身的修復能力可有所恢復。 如果牙根明顯變短， 則是有害的。 正畸治療力過大， 會加重牙根的吸收。 正畸治療的療程過長會增加牙根的吸收。
6、併發其他疾病
因為矯治方法或用力不當， 可以造成下列不可逆的病變：a．接受矯治的牙齒牙髓壞死；b．接受矯治的牙齒鬆動脫落：c．咬合接觸不良或咀嚼無力；d．顳下頜關節疾病。
