結石性梗阻是腎結石引起的最常見和最嚴重的損害。 梗阻部位常為腎盂輸尿管連接部, 即使只是部分性梗阻, 也會造成腎功能的進行性損害。
腎結石可致泌尿系管腔內堵塞, 進而造成梗阻部位以上的積水。 結石性梗阻常為不完全性梗阻, 有的結石表面有小溝, 尿液可沿小溝通過;有時結石雖較大, 甚至呈鑄狀結石, 但尿仍能沿結石周圍流出, 也可能在長時間內不引起積水, 腎盂壁纖維組織增生變厚時, 則擴張表現不明顯。
梗阻發生後, 腎臟的血供開始重新分配, 使髓質血流減少, 導致腎小球的濾過功能和腎小管分泌功能降低。