臨床研究發現， 重症肌無力患者身上常可測出其他自身抗體， 且多伴其他自身免疫性疾病， 認為重症肌無力的病因與自身免疫機制有關， 臨床應用免疫調節或抑制藥物治療確實達到緩解或顯著改善的效果。 治療重症肌無力常用的免疫調節或抑制藥有以下4種。
①糖皮質激素
口服糖皮質激素， 強的松等是一線選擇藥物， 可以使70-80%的患者得到緩解或顯著改善。 如病情危重， 可使用糖皮質激素衝擊， 期間須嚴密觀察病情變化， 因糖皮質激素可使肌無力症狀在4-10天內一過性加重並有可能促發肌無力危象。
②硫唑嘌呤
硫唑嘌呤與糖皮質激素聯合使用比單用糖皮質激素效果更好， 單獨使用硫唑嘌呤時雖有免疫抑制作用但不及糖皮質激素。 多於使用後4-12個月起效， 6-24個月後達到最大療效。
③環磷醯胺
主要用於糖皮質激素與硫唑嘌呤、甲氨蝶呤、黴酚酸酯或環孢菌素聯合使用不能耐受或無效的患者， 與糖皮質激素聯合使用可以顯著改善肌無力症狀， 並減少糖皮質激素使用劑量。
④環孢菌素
主要用於硫唑嘌呤不能耐受或無效的患者， 可以顯著改善肌無力症狀， 並降低血中乙醯膽鹼受體抗體的濃度。
特別提示：症狀進行性加重的重症肌無力患者， 應使用免疫抑制劑， 一般聯合使用強的松和硫唑嘌呤， 並加用雙磷酸鹽類藥物或抗酸藥物降低骨質疏鬆、胃腸道併發症;對於這一方案無效或不能耐受的患者，
