手術治療分為三類：保守性手術（保留生育功能的手術）、半保守性手術（保留卵巢功能的手術）、根治性手術。
（1）保守性手術（保留生育功能的手術） 子宮內膜異位症好發於生育年齡的婦女， 對要求生育的年輕患者， 在男方生育功能正常的情況下， 尤其患者經過藥物治療無效者， 可選用保守性手術， 在情況允許的情況下， 儘量保留卵巢（或部分卵巢）、輸卵管及子宮， 儘量切除肉眼可見的盆腔病灶， 分離粘連， 恢復盆腔器官的正常解剖， 同時手術時處理好盆腔創面， 防止術後粘連， 以達到保存生育功能和促進受孕的目的。
（2）半保守性手術（保留卵巢功能的手術）對於年齡在45歲以下、無生育要求， 或者儘管病人年齡較輕， 但由於臨床症狀嚴重、病變廣泛， 無法保留生殖功能， 或藥物治療效果不佳者， 可行半保守性手術， 切除子宮和盡可能切除盆腔內膜異位元病灶， 保留部分、一側或雙側正常的卵巢組織， 保存病人的卵巢內分泌功能。
（3）根治性外科手術 患者年齡45歲以上， 或者儘管病人年齡較輕， 不需保留生殖功能者， 由於病變廣泛， 臨床症狀嚴重， 經藥物治療無效， 或者手術中無法切除異位病灶以防復發及手術後復發的病人， 可行全宮及雙側卵巢切除術及盆腔子宮內膜異位病灶切除術， 以達根治的目的。 雙側卵巢切除後， 由於失去卵巢內分泌功能的支持，
