三合診檢查是子宮內膜異位症檢查常用的方法, 由於子宮內膜異位症病灶多發生於後盆腔, 肛指可觸及觸痛性結節, 質較硬, 未婚者應做肛診檢查。
B超檢查是對婦女盆腔常用的檢查, 應留意的是, 對於子宮內膜異位症疑似患者最好在月經乾淨5天后檢查, 對於要求比較對比的, 應將檢查時間固定, 如每次月經乾淨後的第5天做。 因為月經週期可能會影響囊腫的大小等。
B超檢查發現不了子宮直腸陷凹、子宮後下段、子宮骶骨韌帶等部位的病灶, 所以B超檢查必需結合臨床病史和其他檢查來綜合考慮。
腹腔鏡檢查:腹腔鏡手術以其創口小、術後反應小、可以更快的恢復活動等優點受到了病人的歡迎, 腹腔鏡可以直視盆腔內各個部位, 可直接肉眼發現病灶, 也可進行組織切片明確子宮內膜異位症的診斷, 所以目前認為腹腔鏡檢查是診斷子宮內膜異位症的金標準。 對於高度懷疑子宮內膜異位症但無法確診的患者適用。 實際上現在腹腔鏡手術多用於子宮內膜異位症的檢查診斷和治療同時進行。