腹瀉除影響嬰幼兒對食物中營養物質的吸收外， 還消耗體內儲存的營養物質， 損害某些機體組織。 這是因為在腹瀉過程中， 本來應該消化吸收的營養物質不能進入機體， 但機體內各器官還需照常進行各項生理功能。 如長期慢性腹瀉就會造成營養不良， 使患兒身體瘦弱， 抵抗力降低， 容易感染各種疾病。 這不僅影響嬰幼兒的正常生長發育， 還會引起併發症。 常見的併發症有：
（1） 營養不良及維生素缺乏症：腹瀉病程較長， 如禁食時間過久或長期熱量不足， 常可引起營養不良和各種維生素缺乏症。
（2）感染：常見有中耳炎、口角炎、上呼吸道感染、支氣管炎、肺炎、癤腫、敗血症、泌尿道感染及靜脈炎等。 各種感染可能成為腹瀉的病因， 但也有在腹瀉之後， 由於全身抵抗力降低而繼發感染。 遷延性腹瀉或原有營養不良病兒， 容易併發真菌感染， 如鵝口瘡、真菌性腸炎， 甚至引起全身性真菌病。
（3）中毒性肝炎：重型腹瀉可能出現黃疸， 常見於營養不良及重症敗血症病兒， 預後不良， 故中毒性肝炎是腹瀉的嚴重併發症之一。
（4）其他：如急性腎功能衰竭、彌漫性血管內凝血、感染性休克、中毒性腦病等，
嬰幼兒腹瀉的預後與病兒的體質、病因、治療時機和治療方法有關。
（1）體質因素：體質衰弱（重症營養不良和佝僂病）的病兒， 由於機體代謝調節功能較差， 抵抗力低下， 容易發生各種併發症， 使腹瀉遷延不愈， 預後較差。 新生兒、早產兒病情易於迅速惡化， 預後也較差。
（2）病因：耐藥性致病性大腸桿菌或其他耐藥細菌感染預後較差， 繼發二重感染者如真菌、金黃色葡萄球菌感染等預後也差。
（3）治療時機：輕型腹瀉若未及時治療， 導致病情嚴重， 遷延日久， 預後較差。
（4）治療不當：未進行調整和適當限制飲食， 減少胃腸道負擔；未及時控制腸道內外感染以及糾正水與電解質紊亂和加強護理，
