(一)保守性手術:主要用於年輕、有生育要求者。 保留子宮及附件(儘量保留雙側), 只是切除病灶, 分離粘連, 重建卵巢, 修復組織。 近年來應用顯微外科手術, 切除以為病灶, 仔細縫合創面, 重建盆腔腹膜, 仔細止血, 徹底沖洗, 使手術效果臻于完善, 提高手術後妊娠成功率, 降低復發率。
(二)半根治手術:子宮內膜異位症手術治療?無生育要求, 病灶嚴重, 而年齡較輕者(小於45歲), 可行子宮和病灶全切, 但盡可能保留一側正常的卵巢組織, 以避免絕經期症狀過早出現。 一般認為半根治術後復發率低, 後遺症少。 切除子宮可去除具有活力的子宮內膜細胞種植的來源,
(三)根治性手術:年齡接近絕經期, 尤其病情重, 有過復發者, 應實行全子宮及雙側附件切除。 手術時盡可能避免卵巢內膜囊腫破裂。 囊液流出時應儘快吸盡, 沖洗。 術後出現更年期綜合症者, 可用鎮靜劑及尼爾雌醇。