子宮內膜異位症症狀是由多種病因綜合引起的, 例如化生內膜、漿膜上皮、免疫防禦功能缺陷、傳與體質的因素、內分泌功能失調等。
組織上有內膜的腺體, 在功能上隨著雌激素水準而變化, 隨著月經週期的變化, 會引發少量月經的現象。 異位症還伴隨不排卵, 機制和患者卵泡細胞LH體有相應的關係, 子宮內膜定期病理檢查黃體期缺陷, 發生的幾率據報導稱在25%-40%左右, 黃體功能不全可以降低女性受孕的幾率, 還可能增加自然流產的幾率。
內分泌失調不能排卵:較為經常出現的是輸卵管閉鎖, 就是阻礙了精子和卵子的結合;但這兩種原因都不能解釋患者不育的問題。