先天性心臟病有以下常見症狀， 但輕症先天性性心臟病可無明顯症狀。
青紫：青紫是青紫型先天性心臟病(如大血管錯位， 法樂氏四聯症等)的突出表現。 可於出生後持續存在， 也可於出生後三至四個月逐漸明顯， 在口唇、指(趾)甲床、鼻尖最明顯。 而潛伏青紫型心臟病(如室間隔缺損、房間隔缺損、動脈導管未閉)平時並無青紫， 只是在活動、哭鬧、屏氣或患肺炎時才出現青紫， 晚期發生肺動脈高壓和右心衰竭時可出現持續青紫。
心臟雜音：多數先天性心臟病都可聽到雜音， 這種雜音比較響亮， 粗糙， 嚴重者可伴有胸前區震顫。
體力差：由於心功能差、供血不足和缺氧所致， 重症患兒在嬰兒期即有餵養困難， 吸吮數口就停歇， 氣促， 易嘔吐和大量出汗， 喜豎抱， 年長兒不願活動， 喜蹲踞， 活動後易疲勞， 陣發性呼吸困難， 缺氧嚴重者常在哺乳、哭鬧或大便時突然昏厥， 易出現心衰。
易患呼吸道感染：多數先天性心臟病由於肺血增多， 平時易反復患呼吸道感染， 反復呼吸道感染又進一步導致心功能衰竭， 二者常常互為因果， 成為先天性心臟病的死亡原因。
發育差：先天性心臟病多有發育遲緩， 有青紫者尤其明顯， 嚴重者智力發育也可能受影響。
其它症狀：先天性心臟病如有左心房擴大或肺動脈壓迫喉返神經，
