系統性硬化的最常見症狀就是肌肉發生改變， 出現肌無力或者是彌漫性肌肉疼痛的問題， 同時還可能會表現出關節骨畸形的症狀， 或者是出現脹氣， 腹痛的明顯表現。
1.肌肉改變 肌肉受累並不少見， 發病早期約50%患者可顯示肌電圖異常， 出現肌無力、彌漫性肌肉疼痛， 部分病例類似多發性肌炎的臨床表現， 受累明顯者可發生肌肉萎縮。
3.骨和關節 關節炎性疼痛在早期並非少見， 約占12%， 在病程中出現關節症狀者占46%， 輕者表現為輕度關節活動受限， 重者關節強直以致攣縮畸形。 手的改變最為常見， 手指可完全僵硬或變短和變形。
3消化系統 多數患者表現為吞咽食物後有發噎感， 以及飽餐後隨即躺下的“燒心”感、夜間胸骨後痛， 均為食管下段功能失調、括約肌受損所致， 早期常未引起患者注意。 嗄流性食管炎還亓丁引起食管狹窄。 吞鋇透視可見食管蠕動減弱、消失、以至整個食管擴張。 十二指腸與空腸、結腸均可受累， 因全胃腸低動力症， 使蠕動緩慢、腸道擴張， 腸道憩室， 暢內容物淤滯有利於細菌繁殖而導致吸收不良綜合征。 患者飯後脹氣、腹脹伴全腹痛、間歇性腹瀉、便秘等。
4.心血管系統 約有61%的患者有不同程度的心臟受累。 心肌炎、心包炎或心內膜炎發生。 臨床表現為氣促、胸悶、心絞痛及心律失常， 嚴重者可致左心或全心衰竭(亦可因肺部損害導致肺源性心臟病引起右心衰竭)， 甚至發生心源性猝死。 約50%患者心電圖有異常表現， 包括房性和室性心律不齊和傳導阻滯。
5.呼吸系統 約有40%的患者可出現胸片X線異常， 主要表現為肺間質紋理增加， 肺功能異常， 高分辨CT更為敏感， 可分辨肺纖維化和間質性炎症;70%的患者有肺活量減少， 肺順應性降低， 用力呼氣容積與肺活量之比增加;臨床表現為咳嗽和進行性呼吸困難。
