尿石症的主要病因為鈣磷代謝紊亂以及其他因素。 而患者對代謝紊亂方面比較關心。 雖然尿結石的形成與代謝紊亂兩者之間的關係仍無最終結論， 但是經過醫學科研人員多年的研究認為鈣磷代謝紊亂可引發：高鈣尿、高草酸尿、高尿酸尿、胱氨酸尿、黃嘌呤尿、低枸櫞酸尿等。 具體病因可分為：
(1)高鈣尿：高血鈣、甲狀旁腺功能亢進、原發性遠端腎小管酸中毒、髓質海綿腎、類肉瘤病、維生素D中毒、乳堿綜合征、長期臥床、Cushing''s綜合征、甲亢、特發性高鈣尿(吸收性高尿鈣)。
(2)高草酸尿：原發性高草酸尿、維生素B6缺乏等。
(3)高尿酸尿：痛風、高尿酸血、高尿酸尿、白血病、真性紅細胞增多症、先天性酶缺陷(如糖原貯疾病)、舞蹈手足徐動症等。
(4)胱氨酸尿：屬遺傳性缺陷。
(5)黃嘌呤尿：是常染色體隱性遺傳的嘌吟代謝紊亂。
(6)低枸櫞酸尿：堿中毒、甲旁亢、維生素D中毒、酸中毒、低鉀血症、尿路感染。
此外， 患者因某種病而大量服用維生素D、維生素C、皮質激素、氨苯喋啶、四環素、阿司匹林等可引發腎結石。 潰瘍患者服用矽酸鎂可形成矽酸鹽結石。 青光眼患者服用乙醯唑胺可形成磷酸鈣過飽和而引發結石。 服用磺胺類藥物， 由於乙醯衍生物由腎臟排泄， 在酸性尿中溶解度低， 所以導致有些患者形成結石。
