結節性硬皮病主要累及源於外胚層組織的器官， 中樞神經系統腫瘤是該病致死率及致殘率最主要的原因， 病理改變為神經膠質增生性硬化結節， 腫瘤可增大並阻塞腦脊液通路致腦積水和顱內壓增高， 從而致死或致殘， 若結節突入腦室內， 可形成影像上特有的“燭淚”征。 結節性硬皮病神經系統損傷的表現有：
癲癇
癲癇是結節性硬皮病的主要神經症狀， 發病率約占70-90%， 早自嬰幼兒期開始， 發作形式多樣， 可自嬰兒痙攣症開始， 發展至部分性、局灶性或複雜性發作、全面性大發作;頻繁而持續的癲癇發作後可繼發違拗、固執等癲癇性人格障礙;若伴有皮膚色素脫失可診斷為結節性硬化症，
智力減退
患者智力減退多進行性加重， 伴有情緒不穩、行為幼稚、易衝動和思維紊亂等精神症狀， 智慧減退者幾乎都有癲癇發作， 早發癲癇者易出現智慧減退， 癲癇發作伴有高峰節律異常腦電圖者常有嚴重的智慧障礙， 部分患者可表現為孤獨症。
神經系統陽性體征
少數患者可有神經系統陽性體征， 如錐體外系體征或單癱、偏癱、截癱、腱反射亢進等， 如室管膜下結節阻塞腦脊液迴圈通路或局部巨大結節、併發腫瘤等可引起顱內壓增高表現。
