藥物在發揮治療作用的同時, 一般都會同時出現一些不良反應, 不良反應的發生通常與藥物劑量相關, 並且與患者個人體質有關。 不同種類的抗精神病藥物, 其不良反應也不相同, 抗精神病藥一般作用於腦內受體或遞質, 常出現神經系統不良反應。
錐體外系不良反應是最常見的精神病藥物不良反應, 也是所有抗精神藥物的共同不良反應。 由於抗精神病藥物阻滯了多巴胺受體, 同時影響了錐體外系統的遞質傳遞, 而出現錐體外系症狀, 如運動不能、意向性震顫或靜止性震顫、肌肉強直, 急性肌張力異常,
惡性綜合征是精神病藥物最嚴重的不良反應, 氯丙嗪被首先發現可導致惡性綜合征, 典型症狀是高熱、肌強直和不同程度的意識障礙。
有些抗精神病藥物具有較強的鎮靜、催眠的作用, 特別在剛開始用藥的一段時間, 症狀會比較明顯, 經過數周可逐漸適應。 精神藥物可以引起皮疹、癲癇、心血管系統症狀, 肝功能異常、粒細胞減少、食欲增加等不良反應。