曾懷疑塵蟎傳播的立克次體和瘡皰丙酸桿菌是川崎病原因， 但未補被證實；也有報導與逆轉錄病毒有關， 曾在川崎病患者外周血單核細胞發現與逆轉錄病毒相關的逆轉錄酶活性。 川崎病患者HLA-BWzz頻率約比普通人群高2倍；而美國波士頓地區流行中， 則HLA-BW51檢出率增高。 因此， 遺傳易感性和感染可能是川崎病的病因。
1、丙種球蛋白：近年研究已證實早期靜脈輸入丙種球蛋白加口服阿司匹林治療可降低川崎病冠狀動脈瘤的發生率。 必須強調在發病後10天之內用藥。 用法為每日靜脈滴注丙種球蛋白400mg/kg，
2、阿司匹林：早期口服阿司匹林可控制急性炎症過程， 減輕冠狀動脈病變， 但尚無對照研究表明阿司匹林治療能降低冠狀動脈瘤的發生率。 服用劑量每天30～100mg·kg， 分3～4次。 日本醫生傾向于用小劑量， 其依據是在是在川崎病急性期服大劑量者認為急性患者對阿司匹林吸收減低和清除增加， 用大劑量才能達到抗炎效果。 服用14天， 熱退後減至每日3～5mg/kg， 一次頓服， 豐收到抗血小板聚集作用。
3、皮質激素：一向認為腎上腺皮質激素有較強的抗炎作用， 可緩解症狀， 但以後發現皮質激素易致血栓形成， 並妨礙冠狀動脈病變修復， 促進動脈瘤形成， 故不宜單用強地松等皮質激素治療。
