雖然至今仍不能完全明確口腔潰瘍的確切病因， 但多數學者認為口腔潰瘍的發生是多種因素綜合作用的結果。 免疫、遺傳和環境可能是口腔潰瘍發病的“三聯因素”， 即遺傳背景與適當的環境因素(包括精神神經體質、心理行為狀態、生活工作和社會環境等)可引發異常的免疫反應而出現口腔潰瘍特徵性病損。 也有人提出“二聯因素”論， 即外源性因素(病毒和細菌)和內源性誘導因素(激素的變化、精神心理因素、營養缺乏、系統性疾病及免疫功能紊亂)相互作用而致病。 大多數醫生認為， 口腔潰瘍與以下因素有關：
1、消化系統疾病及功能紊亂
患系統性疾病的患者易發生口腔潰瘍， 主要是通過影響免疫系統而致病。 口腔潰瘍與胃潰瘍、十二指腸潰瘍、潰瘍性結腸炎、局限性腸炎、肝炎等有關。 研究表明：30%-48%的口腔潰瘍患者有消化道疾病， 如腹脹、腹瀉或便秘等情況。 其中9%以上有消化道潰瘍。
2、內分泌變化
有些女性患者往往在月經期發生， 可能與體內雌激素量下降有關。 有些女性每逢經期或行經前後就會出現口腔潰瘍， 用藥治療只能暫時緩解， 下月行經時依然如故地出現， 疼痛難忍， 與此同時， 還常伴有口幹、心煩、易怒和大便幹結等令人煩惱的症狀。 臨床研究發現， 月經期出現口腔潰瘍主要是由於體內黃體酮水準增高而雌激素（孕酮等）的水準降低所致。
3、精神因素
有的患者在精神緊張、情緒波動、睡眠狀況不佳的情況下發病， 可能與植物神經功能失調有關。
4、遺傳因素
如父母雙方均患有復發性口腔潰瘍時， 其子女約有80— 90％患病， 若雙親之一患此病時， 其子女約有50—60％患病。
5、其他因素
如缺乏微量元素鋅、鐵、葉酸、維生素B12、營養不良等， 可降低免疫功能， 增加復發性口腔潰瘍發病的可能性。 病毒可能是口腔潰瘍的始動因數， 但目前尚未在患者血清中查出相關抗體， 亦未見從口腔潰瘍病損組織中分離出病毒的報導。 細菌對口腔潰瘍的作用已提出了多年， 與口腔潰瘍關係密切的細菌有血鏈球菌及幽門螺桿菌[14]。 體內超氧自由基的生成和清除率不平衡、血栓素B2 和6酮前列腺素比例失調及總體水準下降可引發口腔潰瘍。
6、中醫病因機制：
祖國醫學界早已對口腔潰瘍有記載。 按照中醫的理論體系， 口腔潰瘍有以下幾種病因:一是外感六淫， 主要是燥、火兩邪， 燥邪乾澀， 易傷津液， 火為陽邪， 其性炎上， 津傷火灼， 口瘡乃發。 故口瘡多在秋季及氣候突變時容易復發。 二是飲食不節， 由於過食辛辣肥厚之品或偏食， 致火熱內生，
