乙型肝炎病毒的消毒處理對控制乙型肝炎的傳播具有十分重要的意義。 乙型肝炎病毒對多種化學消毒劑都比較敏感。 化學消毒劑可使微生物蛋白質凝固變性， 致使微生物的新陳代謝發生障礙而死亡。 常用於殺滅乙型肝炎病毒的化學消毒劑有以下幾種：
氯製劑：如3%的漂白粉、有效氯含量大於56%的二氯異氰尿酸鈉及氯化磷酸三鈉等， 室溫下15分鐘， 用於清洗器皿和餐具， 消毒效果滿意。
氧化劑：0.2%-0.5%過氧乙酸及15%過氧化氫， 在室溫下作用10-30分鐘， 可作外科移植物的消毒劑。 用於患者餐具的浸泡， 可殺滅乙型肝炎病毒。
烷化劑：2%戊二醛， 用於手術器械、電鏡的擦拭消毒， 10%甲醛可用於血液製品中乙型肝炎病毒的消毒。
碘化劑：1%碘酊25℃作用15分鐘以上可用於消毒體溫計、各種醫用導管及牙科器械等。 但應注意密閉， 以免碘昇華。 消毒後應消除表面沾有的碘液。 大部分醫院一般都選用碘伏作為消毒劑， 效果比碘酊更好。
與乙肝患者密切接觸者， 如乙肝患者家屬及醫護人員， 應該用肥皂和流水沖洗至少2遍以上， 以儘量減少手上皮膚沾染的乙型肝炎病毒， 然後再用0.1%-0.5%過氧乙酸或碘伏浸泡雙手1-2分鐘。
