系統性紅斑狼瘡患者發展到晚期會出現神經系統的病變, 例如頭痛, 偏癱或癲癇發作, 患者還會有狼瘡性肺炎, 病人發熱, 咳嗽, 肺部。 以及胸膜病變:胸膜炎症出現胸痛, 發熱, 呼吸困難, 胸腔積液。
系統性紅斑狼瘡發展到晚期, 還會出現精神抑鬱, 人體精神系統受損表現, 會有幻覺, 妄圖, 意識障礙, 定向力障礙, 行為異常等系統性紅斑狼瘡晚期症狀。
系統性紅斑狼瘡晚期, 消化道也會出現嚴重的症狀, 主要有噁心, 嘔吐, 腹痛, 腹瀉, 食欲不振等, 有少數發生胃, 十二指腸潰瘍, 伴出血或穿孔。
系統性紅斑狼瘡晚期心血管病症也會加重,
系統性紅斑狼瘡的病人有蛋白尿、鏡下血尿、白細胞尿、管型尿、水腫等系統性紅斑狼瘡腎炎的症狀。