使用抗甲狀腺藥物治療甲亢後， 應對治療效果定期進行評價， 判斷療效主要根據患者甲狀腺腫大程度、甲亢類型、症狀控制、甲狀腺功能以及免疫指標等情況， 並可同時對長期療效進行預測判斷。
甲狀腺腫大程度是判斷藥物療效的重要指標， 甲狀腺小或在治療後甲狀腺明顯縮小者長期緩解的可能性大;而甲狀腺腫大越顯著或經治療後甲狀腺腫縮小不明顯者則復發的可能性大。 甲亢患者在藥物發揮療效後， 症狀即可明顯改善， 較小量的抗甲狀腺藥即可以控制症狀者， 長期緩解的可能性大。
甲亢類型決定著患者病情， 也影響藥物治療的效果。 毒性彌漫性甲狀腺腫及T3型甲亢療效相對較好， 長期緩解的可能性大;毒性結節性甲狀腺腫療效相對較差， 復發的可能性大。
甲亢症狀控制後各項甲狀腺功能試驗結果始終正常者， 長期緩解的可能性大。 毒性彌漫性甲狀腺腫患者的TSH受體抗體在血中測得的時間較短， 各項甲狀腺自身免疫指標恢復陰性者， 則復發的可能性小。 抗甲狀腺藥物治療1年後， 停藥做甲狀腺片抑制試驗， 吸131I率在15%～35%者可停藥觀察， 其中約80%患者可以維持緩解。 TSH對TRH有興奮性反應者， 長期緩解的可能性大。
